Đảng bộ Kiểm toán Nhà nước là Đảng bộ cấp trên cơ sở, có 34 tổ chức đảng trực thuộc, trong đó có 14 Đảng bộ cơ sở, 10 Đảng bộ bộ phận, 4 chi bộ cơ sở và 6 chi bộ trực thuộc với trên 1.500 đảng viên.
Những tình huống cụ thể, các nội dung liên quan đến công tác chỉ đạo và tổ chức đại hội đảng bộ các cấp đã được thảo luận, giải đáp tại hội nghị do Đảng bộ Khối các cơ quan Trung ương tổ chức.